Revelado nas categorias de base do Sport Recife, Juninho foi promovido ao time profissional do Leão da Ilha , onde atuou entre 1993 e 1995. Em seguida, o meio campista se transferiu para o Vasco, clube no qual atuou até 2001, e também foi muito bem. Seus bons números com a camisa cruzmaltina chamou a atenção do Lyon, que o contratou para reforçar a sua equipe.
O Reizinho da Colina vestiu a camisa 12 e foi muito importante na conquista do primeiro título da Ligue 1 da história do Lyon, em 2001-02. Seu ano seguinte foi ainda melhor: usando agora a camisa 8 que tanto gostava, foi bicampeão da Ligue 1, além de ter sido o artilheiro e líder de assistências da equipe.
Na temporada 2003-04, o OL venceu o terceiro troféu da Ligue 1. Em 2004 começou a campanha do quarto consecutivo da Ligue 1. O Olympique Lyonnais não teve muitas dificuldades para bater o recorde de títulos consecutivos da Ligue 1 na temporada de 2005–06, uma das melhores do Pernambucano no clube, sendo eleito o melhor atleta da mesma e, pelo quinto ano seguido, integrou a seleção do torneio.
O domínio no futebol francês durou mais duas temporadas, com as conquistas da Ligue 1 de 2006–07 e 2007–08. Naquele ano, ele foi indicado a lista de 30 jogadores para o prêmio de melhor jogador do mundo pela FIFA em 2007, mas ficou apenas na 20ª colocação.
Também foi muito importante na campanha do título da Copa da França na temporada 2007–08. O clube do brasileiro acabou conquistando o título nacional pela sexta vez seguida e depois ganhou mais uma Supercopa da França.
Única temporada sem título
No seu último ano na equipe de Lyon, Juninho teve atuações destacadas, porém, desta vez, o clube não terminou pela primeira vez desde sua chegada, na primeira colocação da liga nacional.
Após 343 partidas, 100 gols marcados e 14 títulos conquistados pelo time francês, Juninho Pernambucano deixou o clube.
Antes de Juninho, em toda a sua história, o Lyon tinha 0 títulos franceses. Com Juninho, em 8 anos, conquistaram 7 títulos franceses seguidos, os 7 primeiros da história do clube. Juninho saiu em 2009 e, em 2023, o Lyon segue com 7 títulos franceses, todos com ele.