Quando ainda era jogador de futebol, Fernando Diniz trocou o Fluminense pelo Flamengo. Sua passagem pelo rubro-negro não durou muito tempo, foram apenas alguns meses no elenco da equipe, e sua passagem ficou marcada por problemas como lesões e salários atrasados.
Entre os anos de 2000 e 2003, Diniz viveu um de seus melhores momentos na carreira jogando pelo time das Laranjeiras. Foram 102 jogos pelo tricolor carioca, clube que mais atuou, e 7 gols marcados. Porém, no final de 2002, o meio campo perdeu espaço com Renato Gaúcho, que comandava o Fluminense na época.
A pedidos de Nelsinho Baptista, que treinava o Flamengo na época, Diniz foi negociado e emprestado ao rival, em uma troca que envolveu Lopes Tigrão. A estreia de Diniz com a camisa do Flamengo foi justamente contra o Fluminense.
Fernando Diniz marcou sua carreira com camisa do Fluminense
Naquela oportunidade, o atual técnico do Fluminense entrou em campo para o lugar de Fábio Baiano, e seu time ganhou o jogo, válido pelo Campeonato Brasileiro, por 4 a 1. Porém, Diniz não conseguiu se firmar no time titular do Flamengo, e fez 12 jogos com a camisa do time.
Ao longo desses 12 jogos pelo Flamengo, Diniz balançou as redes uma vez. Seu gol saiu contra o São Caetano, em um empate por 1 a 1, no Estádio Anacleto Campanella. O jogo foi válido pelo Campeonato Brasileiro.
Depois da passagem pelo Flamengo, Diniz ainda jogou por: Juventude, Cruzeiro, Santos, Paulista, Santo André, Juventus e Gama. Antes de ser jogador do Fluminense, Diniz entrou em campo por: Juventus (clube que o revelou), Guarani, Palmeiras e Corinthians.