Ex-Vasco já jogou pelo Atlético de Madrid e passou por momento bastante turbulento um ano antes de deixar a equipe espanhola. Fabiano Eller, ainda em 2007, demonstrou sua insatisfação em não jogar com regularidade, mas deixou claro sobre profissionalismo.
No Brasil sempre jogava, fui campeão várias vezes e na temporada passada estava jogando também. Agora é treinar e esperar outra oportunidade para voltar a jogar o futebol que tinha antes
Fabiano Eller desabafa sobre sua situação no Atlético de Madrid ainda em 2007
Em tempo, o zagueiro ex-Vasco dizia que estava feliz, mesmo não sendo titular. Ele aproveitou para deixar claro que não havia qualquer tipo de indisposição com o técnico da época, Javier Aguirre.
Estou tranquilo e contente com o clube e creio estar demonstrando ser um grande profissional. Não jogo, mas estou treinando bem. Estou à disposição do técnico e pronto para entrar na equipe
Eller destacou estar pronto para jogar
Um ano após o imbróglio, Eller deixou o Atlético de Madrid
Em 25 de junho de 2008, Fabiano Eller acertou seu desligamento junto ao Atlético de Madrid. Mesmo tendo contrato até junho de 2009, ambas as partes chegaram a um acordo pela rescisão do contrato. Foram 41 jogos pelo clube espanhol, tendo marcado um gol.
Em seguida, o zagueiro se encaminhou ao Santos, por onde jogou até aramados de 2009, se transferindo para o Internacional. Até encerrar sua carreira como jogador de futebol, em 2022, Fabiano Eller chegou a vestir as camisas de Internacional, Al-Hilal, São José, GE Brasil, Audax Rio, Red Bull, Náutico, Joinville, São Mateus e Linhares FC.
Confira o que publicou o Atlético de Madrid na saída de Fabiano Eller:
O clube agradece ao jogador o profissionalismo e dedicação demonstrados e lhe deseja sorte para a nova etapa que vai se iniciar
Publicou o Atlético de Madrid