Alonso fechou a negociação e já vestiu o manto alvinegro para jogar o Brasileirão
Em 2020, a pedidos do técnico Jorge Sampaoli, o Atlético Mineiro anunciou a contratação de Júnior Alonso. Contratado junto ao Lille, da França, Alonso custou 3 milhões de euros (cerca de 18 milhões de reais) aos cofres do Galo, que comprou 100% de seus direitos econômicos. Quando chegou ao time de Minas Gerais, o zagueiro assinou um contrato de três anos.
Apesar de ser jogador do Lille, Alonso estava emprestado ao Boca Juniors, clube pelo qual entrou em campo 33 vezes, colaborando com duas assistências. Revelado pelo Cerro Porteño, Alonso subiu para o profissional em 2013, e foi vendido para o clube francês em 2016. Chegando na França, ele vestiu a camisa do Lille em duas temporadas, até ser emprestado para o Celta de Vigo, da Espanha, e depois para o Boca Junior.
Alonso tem 43 jogos com a camisa do Krasnodar
Alonso vestiu a camisa do Galo entre 2020 e 2022, quando foi vendido ao Krasnodar por 8 milhões de euros. Quando ele foi contratado pelo clube mineiro, Sampaoli tinha pedido a diretoria zagueiros com bom passe e rápidos. Alexandre Mattos, que na época trabalhava no Atlético Mineiro, acertou a contratação do paraguaio.
Como jogador do clube de Minas, Alonso entrou em campo 133 vezes, balançando a rede em duas oportunidades e dando mais seis assistências. Ele participou da conquista de dois títulos: o da Copa do Brasil de 2021, e do Campeonato Brasileiro de 2021.
Atualmente, o jogador tem seu nome ligado ao Vasco da Gama, nova casa de Alexandre Mattos, mas de acordo com a imprensa paraguaia, o negócio com o Krasnodar não deve acontecer.